DNAマイクロアレイ

バイオ 用語

DNAマイクロアレイはDNAの塩基配列を検査するために、多くの種類の既知遺伝子配列のDNAを各スポットごとに固定したプラスチックまたはガラスからなる器具のこと。DNAチップとも言われる。ウィキペディア

DNAマイクロアレイとは？何を可能にするのか？
健康障害予防研究部　三浦　伸彦
生物を構成する細胞の大部分は蛋白質でできています。蛋白質を作り出すための情報は遺伝子が持っており、遺伝子が転写されてmRNAとなり、このmRNAが翻訳されて蛋白質となります（セントラルドグマといいます。図１）。今回紹介するDNAマイクロアレイ（＝DNAチップ）は、主にこのmRNA量の変動を調べる目的で最近開発された画期的な方法です（図２）。本法は遺伝子（の合成断片）をスライドグラス上にスポットしたもので、僅か１cm四方の中に１万種類以上の遺伝子がスポットされています。試料としては例えばある化学物質にばく露した細胞および非ばく露細胞を一対用意します。試料は作業者の血液等でも可能です。試料からmRNAを抽出し、「逆転写」という反応によってmRNAをcDNA（complementaryDNA）に変えます。この時、ばく露・非ばく露が識別できるように蛍光色素（Cy3またはCy5）で標識します。次に両者の等量混合溶液をアレイ上に滴下し、一晩反応させます。この反応によりアレイ上にスポットされた遺伝子には、試料由来のその遺伝子に対応したcDNAだけが結合します。結合していない余分なcDNAを洗浄後、スポットに結合したcDNA量を、専用の読み取り装置を使って蛍光強度として最終的に検出します。そうしますと、アレイ上にスポットされている遺伝子の数は一定なので、ばく露群で発現量が多くなればなるほどばく露群由来のcDNAが多く結合するため緑色が強くなり、逆に非ばく露群で多い場合は赤が、ほぼ同程度の場合は黄色に近付きます。このようにして、１万種類以上の遺伝子の動き（発現量の増減）を一挙に捉える事が可能です。

http://www.niih.go.jp/jp/current/topics/13_topi04.html

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  • I look forward to hearing from you.
  • It was a pleasure meeting you last week.
  • If our products meet your satisfaction, we would be happy to open an account.
  • Please feel free to e-mail or phone me anytime.
  • Currently, A company is looking to expand its variety of [product].
  • According to the information I received, A company manufactures [product].
  • I need the answer to a questions that I'm sure the customer will ask.
  • It would be very helpful if you could give me your answer today.
  • We would need these posters by July 30.
  • Could you let me know if you can handle this order by the stated deadline?
  • As you can see from the attached order from, we hereby request you to supply us with 2,000 bath towels.
  • Please ensure that he is copied in on all communication with me.
  • I am also happy to tell you that the order has already been fulfilled.
  • Once the shipping details are finalized, I will be sure to send them to you.
    • （onceの中は、未来だけど現在形）
  • Just a quite note to let you know that I sent you the cloths samples today.
    • （取り急ぎお知らせします。）
  • You should receive them by the end of the week.
    • （〜はずです。）
  • Thanks for the samples-I received them Friday afternoon.
  • I will get in touch with you before the end of next week regarding our order.
    • 注文に関しては、来週末までにご連絡申し上げます。
  • Congratulations on the birth of your son.
  • Please accept my best wishes on this happiest of occasions.

近藤社長のpodcast

アイディア

話声が小さいのに、たまに大声で笑うから耳がいかれました。（落語のpodcastを聞いているよう）なので、笑い声の部分の音量を編集で小さくしてから出荷してください。よろしくお願いします。

その他、セミナー　立ち聞きメモ

セミナー

胎盤繊毛及び臍帯血には、骨芽細胞*1、軟骨細胞、脂肪細胞に分化できる、間葉系幹・前駆細胞の存在が明らかになった。

*1:骨をつくる細胞で、骨の形をつくるコラーゲンという線維をつくり次にカルシウムとリン酸塩からなる結晶をふりかけて骨を完成します。http://www.richbone.com/dic/term/term-55.htm

第５回バイオエキスポ　膜タンパク質の結晶育成〓膜輸送体の結晶構造　阪大産業科学研究所　村上助教授

セミナー
  • 膜タンパク質の役割は、ポンプ、チャネル、トランスポーター、レセプター、等
  • 30%以上膜タンパク質
  • 市販薬の80%が膜タンパク質をターゲットとしている*1
    • しかし、0.2%しか構造が解析されていない⇒とってもおくれている
  • 水溶性タンパク質に比べて25年程度研究が遅れている
  • なぜ、難しいのか⇒膜タンパクの中には水を好む部分と好まない部分が両方存在する
  • これを克服するために界面活性剤を使い、水を好む部分にこれを付着させ、あたかも膜の中にいるかのような錯覚を与えさせる
  • 結晶化のステップは、
    • 結晶核の構成
    • その核が成長
  • フェムト秒レーザーを一時的かつ部分的に放射することにより、その部分だけを一瞬、過飽和状態とする。これにより、結晶核ができる。次の瞬間には溶液は飽和状態に戻るため、膜タンパクは結晶化される

*1:尚且つ、膜タンパクが関与している疾患は重篤なものが多い

第５回バイオエキスポ　バイオクリスタルデザイン　阪大工学研　高野助教授

セミナー
  • 人の体には約１０万種類のタンパク質がある
  • クロージング→発現→生成→結晶化（ボトルネック*1）→解析
  • 結晶化には低過飽和溶液がよい、但し結晶の初期段階は高過飽和溶液が望ましい（相反する）→初期段階でレーザーを当てる
  • レーザー→２液法（シッティングドロップ法などで容器に張り付いた状態では結晶の質が悪い）→溶液攪拌（宇宙よりいい）→加工
  • 京大ウイルス研　伊藤先生、原子力研究所、阪大微生物研究所堀井先生（マラリア）

Q:正常タンパクと異常タンパクの関係：異常タンパクの発生を抑制することが重要か？他の方法は？

*1:高品質化、大型化、加工